微氧或缺氧条件才能培养出我们需要的厌氧、兼性厌氧微生物,产生我们需要的代谢产物。微氧或缺氧的目的是抑制耗氧的产酸微生物的生长,免使曲坯酸度过高不利于褐变反应的进行而有利于厌氧、兼性厌氧菌的生长繁殖和酶作用的发挥(淀粉酶、蛋白酶的pH为（4.5~6.4)。比如从高温曲中分离出的地衣芽孢杆菌、多粘芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等都是兼性厌氧菌。

“从制曲酿酒过程中及生产环境中分离出来的细菌,都是芽孢杆菌属的细菌。它们一般都是兼性厌氧的”。在高温曲的制曲过程中,前期的低、中温阶段,是霉菌、酵母或部分细菌在生长,这个阶段中温度较低,水分充足,氧气含量高。随着制曲温度的升高、水分的蒸发、氧气的消耗,好氧的霉菌、酵母被陶汰,而耐高温、只需微氧或缺氧的芽孢杆菌却大量繁殖“,从第二次翻曲(邻近几天正是55~60℃上下的高温期)起,就检测不出酵母菌了。酵母菌数******值在进房后的第2d,霉菌******值出现在进房后第11d,细菌******值出现在进房后第29d。在整个制曲过程中,细菌数量占优势,一般都占三大微生物总数的90%以上。出房干曲中,细菌占99%左右,霉菌约占1%,酵母则检测不出”。值得一提的是,无论是从高温曲药、糖化堆积中还是窖内发酵糟醅中的分离的芽孢杆菌都是兼性厌氧的。

高温制曲过程中的密集堆曲,除了保温、保湿作用外,就是造成一个微氧或缺氧的环境,让耐高温、耐微氧或缺氧的芽孢杆菌大量繁殖,以获得我们所需要的香气物质。相反,低、中温曲制曲中的堆曲方式、曲块数量都是有利好氧微生物生长繁殖的。从这些情况看,高温制曲的微氧或缺氧是非常必要的。